1880 var han åter i Sverige där han blev docent i sanskrit vid Lunds universitet. Via universitetet i Berlin återvände han 1885 till USA som professor i sanskrit och moderna språk vid universitetet i Nebraska där han även var den förste som undervisade i svenska.

Återvände för en kortare tid till Sverige och Göteborgs Högskola 1890 där han blev professor i nyeuropeisk lingvistik och blev även rektor. Vände åter till Nebraska 1899 och professuren där.

Sina sista år tillbragte Hjalmar Edgren i Sverige och bosatte sig i Djursholm. Han blev även ledamot av Svenska Akademins Nobelstiftelse.
Hjalmar Edgren avled i sitt hem den 9 december 1903 och är gravsatt på Arvika kyrkogård
Edgren publicerade 17 skrifter av olika slag. 

Litteraturhistorikern Karl Warburg skrev efter Edgrens död bland annat
- Som tapper militär, nitisk språkforskare, driftig lärare, mångsidigt intresserad skriftställare fullföljde han energiskt och dugligt sitt verk.